虽然研究证实电化学高级氧化技术能高效去除污水中的持久性有机污染物，但是由于实际废水成分复杂，在实际工程应用中往往限制了电化学高级氧化技术的高效运行，通常需要更大的水力停留时间或更大的处理容积来弥补。比如反应体系中的氯物种及其衍生物包括氯酸盐、高氯酸盐和其它有机氯化合物的存在对电化学高级氧化的效率产生重要的影响，而且这种影响往往是不利的。此外，当溶液中存在高浓度的营养素、有机污染物和微生物时，过量的有机污染物会限制传质效率，影响处理的稳定性和效率。而将电化学高级氧化技术与常规的生化处理相结合，则可以缓解这些问题，提高处理效果。

废水经过预处理去除部分有机污染物之后再经电化学高级氧化进一步处理，可以提高整体的处理效率，有利于痕量难降解有机污染物的去除，并降低电化学氧化处理的成本。

将电化学氧化处理作为前处理与常规的生化处理相结合。如在对垃圾填埋场渗滤液进行多级处理的研究中，电化学氧化之后采用生物处理，进一步提高垃圾渗滤液COD 的去除效果，最终去除率达77%。

将电化学氧化处理与生物处理组合在一个反应器中同时进行也可以提高处理效果。经研究发现一体化工艺中的电化学处理效果与单独工艺几乎一样，都能实现80% 的COD 去除率与97% 左右的脱色率，而组合工艺（生化-电化学处理工艺）)则能实现更高的去除效果，COD 去除率达90%，脱色率达98.5%; 但是从能耗方面考虑，一体化工艺的能耗最低。

电化学高级氧化技术具有很大的应用前景，然而由于实际废水成分复杂，导致污水处理效果低于预期，运行成本也较高。电化学氧化与常规生化处理工艺相结合是解决这一问题的有效途径，并且可以实现痕量有机污染物的完全去除。